مقام‌هاي مسجد كوفه :
داخل صحن، شبستان و رواق‌هاي مسجد كوفه، محراب‌ها و مقام‌هاي متعددي، منسوب به پيامبران و امامان: وجود دارد كه مرتبط با حضور پيامبران الهي و امامان معصوم: در اين مسجد و پيشينه تاريخي آن است. هريك از اين مقام‌ها و محراب‌ها، داراي آداب خاصي است كه در كتب ادعيه مختلف، نظير مفاتيح الجنان، بيان شده است. پس از بازسازي‌هاي اخير مسجد كوفه، بيشتر مقام‌هاي موجود در صحن و رواق‌هاي مسجد نيز به‌صورت محرابچه‌هاي كوچكي از سنگ مرمر سفيد، بازسازي شدند.
. بيت الطّشت
در صحن مسجد، در شمال دكة القضاء قرار دارد و محل وقوع يكي از معجزات اميرمؤمنان(عليه السلام) است.اين مكان، پيش‌تر به‌صورت سردابي پايين‌تر از سطح مسجد بود كه دو طرف آن، دو راه پله وجود داشت.
. دكة القضاء
در جانب شمال شرقي صحن مسجد قرار دارد و محلي است كه اميرمؤمنان(عليه السلام) در آنجا، قضاوت مي‌كرده است.
. دكة المعراج
اين مقام در صحن مسجد و نزديك زيارتگاه كشتي نوح قرار دارد و محل نماز خواندن پيامبر اسلام9 در شب معراج، به شمار مي‌آيد. كنار اين مقام، يك ستون سنگي قديمي وجود دارد كه در واقع، يك شاخص خورشيدي است كه در گذشته، براي شناخت ظهر شرعي و اوقات نماز، به كار مي‌رفته است.
. محراب امام علي(عليه السلام)
اين محراب محل نماز خواندن اميرمؤمنان(عليه السلام) در مسجد كوفه و محل ضربت خوردن آن حضرت(عليه السلام) به دست ابن ملجم مرادي در شب نوزدهم ماه رمضان سال 40ه‍ .ق، است. اين محراب، داخل شبستان مسجد واقع است و روي آن، فرقه اسماعيليان بهره هند، پنجره نقره‌اي زيبايي به شكل محراب با كتيبه‌هاي كوفي و نقوش و تزيينات گياهي، نصب كرده‌اند.
. مقام آدم(عليه السلام)
اين مقام، در جنوب صحن مسجد، نزديك دكة المعراج قرار دارد و براساس برخي اقوال، محل توبه حضرت آدم(عليه السلام) به شمار مي‌آيد.
. مقام ابراهيم(عليه السلام)
اين مقام، در رواق شمالي مسجد، نزديك ورودي اصلي آن (باب الفيل) قرار دارد.
. مقام امام جعفر صادق(عليه السلام)
اين مقام، در جنوب شرقي مسجد، نزديك مرقد مسلم بن عقيل قرار داشته و داراي محرابي بوده است كه همانند دو مقام نوح(عليه السلام) و امام زين‌العابدين(عليه السلام)، متأسفانه در بازسازي‌هاي اخير مسجد، خراب شده است و محل آن، تنها با نصب يك برگه كاغذي روي ستون‌هاي سنگي موجود در شبستان مسجد، مشخص شده است.
. مقام امام زين‌العابدين(عليه السلام)
اين مقام، در جنوب غربي مسجد، نزديك مقام نوح(عليه السلام) قرار داشته و مانند همان مقام، به شكل محرابي بوده است كه متأسفانه در بازسازي‌هاي اخير مسجد، خراب شده است و محل آن، تنها با نصب يك برگه كاغذي روي ديوار جنوبي رواق متصل به شبستان مسجد، مشخص شده است.
. مقام جبرئيل(عليه السلام)
اين مقام نيز در جنوب صحن مسجد و در سمت غربي مقام آدم(عليه السلام) قرار دارد و به حادثه معراج پيامبر اسلام9 و نماز خواندن آن حضرت در مسجد كوفه، ارتباط دارد.
. مقام خضر(عليه السلام)
اين مقام نيز در رواق شمالي مسجد، نزديك مقام ابراهيم(عليه السلام) واقع است.
. مقام نوح(عليه السلام)
اين مقام در جنوب غربي مسجد قرار داشته و به شكل محرابي بوده كه متأسفانه در بازسازي‌هاي اخير مسجد، خراب شده است و محل آن، تنها با نصب يك برگه كاغذي روي ديوار جنوبي رواق متصل به شبستان مسجد، مشخص شده است.
. مقام كشتي نوح(عليه السلام)
ميان صحن مسجد، مكاني وجود دارد كه به «سفينة نوح» معروف است. براساس برخي اقوال، اين نقطه محل به گِل نشستن كشتي حضرت نوح(عليه السلام) پس از طوفان بزرگ است. اما براساس روايات ديگري، اينجا محل ساخته شدن كشتي حضرت نوح(عليه السلام) بوده است. اين مكان نيز پيش‌تر به صورت سردابي بود كه با يك راه‌پله، امكان پايين رفتن به آن وجود داشت. اين سرداب، به شكل يك صحن كوچك هشت ضلعي بود كه در هر ضلع آن، يك ايوان وجود داشت و از طريق دو ايوان شمالي و جنوبي، به دو حجره ديگر راه داشت. كف زيارتگاه كشتي نوح(عليه السلام)، نمايانگر سطح واقعي مسجد كوفه، پيش از بالا آوردن سطح آن در زمان سيد مهدي بحرالعلوم بوده است.در دوره رژيم سابق بعثي عراق، پله‌هاي ورودي سفينه نوح مسدود شد و از ورود به آنجا، جلوگيري به عمل مي‌آمد. اما پس از سقوط اين رژيم، متأسفانه در بازسازي‌هاي اخير مسجد، اين زيارتگاه و بناي تاريخي ارزشمند آن، به‌طور كامل از بين رفت و تنها به‌جاي آن، يك حوض دوازده ضلعي، با نرده‌هاي سنگي كم‌ارتفاع در اطراف آن، ايجاد شد.